Caroline Fourest est diplômée en histoire, en sociologie à l'EHESS et en Sciences politiques. Elle est également titulaire d'un DESS de communication politique, obtenu à la Sorbonne. Elle y a étudié la communication de crise (réactions aux boycotts et aux rumeurs) et elle a tiré de ces études en la matière un livre : "Face au boycott".

Essayiste, elle est rédactrice en chef de la revue Prochoix et journaliste à Charlie Hebdo.

En 1997, elle fonde la revue Prochoix, pour la défense du libre choix au sens large, c'est-à-dire le choix de mener sa vie envers et contre tout dogme liberticide, essentialiste, raciste ou intégriste. Ses thèmes de prédilection sont la protection de la laïcité, les droits des femmes et des homosexuel-le-s. Le mot prochoix s'oppose à celui de Prolife, le mouvement anti-avortement aux États-Unis partie prenante de la droite religieuse américaine auquel elle a d'ailleurs consacré un ouvrage, Foi contre choix.

En 1998, elle co-écrit avec Fiammetta Venner un livre sur les entreprises finançant le Front national, "Le guide des Sponsors du FN". Ce qui lui a valu une campagne de presse et de des menaces de militants d'extrême droite. Ce livre a permis aux citoyens de connaître les dessous du financement de l'extrême droite mais aussi de tordre le cou à certaines rumeurs en rétablissant la vérité sur une entreprise comme Les pains Poilâne, qui avaient été accusés à tort de financer le Front national.

En 1999, elle publie avec Fiammetta Venner "Les Anti-Pacs ou la dernière croisade homophobe", une enquête solide sur les mouvements anti-PaCs, leurs liens avec la droite catholique radicale et le vrai visage de Christine Boutin. En annexe, le livre rend aussi publique la liste des maires ayant signé la pétition contre le PaCS.

En 2003, elle a co-écrit un livre, Tirs Croisés (avec Fiammetta Venner, Calmann-Lévy, 2003) sur la « laïcité à l'épreuve des intégrismes juif, chrétien et musulman ». S'élevant à la fois contre la stigmatisation de l'islam et contre la tentation de nier le danger intégriste au nom de l'islam, il s'est vendu à plus de 20 000 exemplaires et il est disponible en poche.

Après avoir dénoncé presque exclusivement l'extrême droite et l'intégrisme chrétien pendant plus de dix ans, Caroline Fourest dénonce aujourd'hui dans ses livres les collusions entre une partie de la gauche et les mouvements islamistes.

Dans "Frère Tariq", un livre de 426 pages fouillé et documenté paru en 2004, elle décortique le double discours de Tariq Ramadan, et démontre, citations et preuves à l'appuis (chaque propos cité renvoie à une note et à sa source), la vraie nature fondamentaliste et réactionnaire à partir de l'étude de ses livres et cassettes en Français. Ce qui lui vaut d'être la bête noire des partisans des Frères musulmans.

''La Tentation obscurantiste'', un plaidoyer pour qu'une certaine gauche et une certaine extrême gauche cesse toute complaisance avec l'islamisme, a obtenu le Prix du livre politique 2006 et Richard Descoings, directeur de Sciences Po et président du jury, parle de ce livre comme faisant tout parliculièrement preuve de « discernement, de rigueur et du courage de dire ».

L'année précédente, en 2005, elle avait obtenu le Prix national de la laïcité avec Fiammetta Venner.

Ses prises de positions lui valent nombre de détracteurs. Menacée sur un forum islamiste au moment de la parution de Frère Tariq, elle a aussi été menacée sur un forum britannique pour avoir initié le Manifeste « Ensemble contre le nouveau totalitatisme ». Un texte traduit et diffusé en plusieurs langues co-signé avec Ayaan Hirsi Ali, Taslima Nasreen, Salman Rushdie, Philippe Val, Bernard-Henri Lévy, Irshad Manji, Mehdi Mozaffari, Maryam Namazie, et Ibn Warraq.

Elle a engagé des polémiques avec des journalistes comme Xavier Ternisien du journal Le Monde, qui ne cache pas son admiration envers le prédicateur Tariq Ramadan, notamment au sujet du mot « islamophobie ». En effet, Caroline Fourest et Fiammetta Venner ont voulu expliquer que ce mot, notamment utilisé dans l'espace public par les Mollahs en Iran, servait à disqualifier les musulmans rationalistes (comme les féministes opposés au port du voile obligatoire ou Salman Rushdie et Taslima Nasreen) en confondant en un seul terme la stigmatisation des croyants (atitude raciste) et la critique de l'islam voir de l'islamisme en tant qu'idéologie religieuse (ce qui relève de la liberté d'expression laïque).

Elle bataille aussi avec des organisations telles que Les mots sont importants de Pierre Tévanian, partisan du voile au sein de l'école publique et initiateur de rapprochements entre gauchistes et islamistes au sein de collectif comme Une école pour tous, ou le Réseau Voltaire, l'association de Thierry Meyssan ‘ l'homme qui a écrit un livre pour dire que le 11/09 est un complot de la CIA. Le Réseau Voltaire défend le régime iranien et syrien, mais aussi le Hezbollah, sous prétexte de former un pôle contre l'"impérialisme américain". Ce dernier accuse Caroline Fourest, Fiammetta Venner ou encore Philippe Val de Charlie Hebdo de briser cette alliance à force de critiquer l'intégrisme musulman.

En 2007, paru plusieurs mois avant l'élection présidentielle, son livre Le Choc des Préjugés (Claman-Lévy) revient en détails sur les émeutes de novembres 2005, dresse un bilan sans appel de la politique de nicolas Sarkozy dans ce domaine et renvoie dos à ds les postures sécuritaires et victimaires.