Un an après la publication du manifeste "Appel des Indigènes de la République" le mouvement a scissionné.

Deux groupes sont issus de cet appel

1- Les Indigènes de la République http://www.indigenes.org/ qui ont publié un communiqué s'inquiétant du "« sectarisme Â» et la main mise de certains sur la direction du « mouvement Â»" Lire. Ce groupe essaye de s'orienter vers un mouvement de lutte contre les discriminations bien que son forum soit toujours empreint de participants racialistes.

2- Le Mouvement des Indigènes de la République http://www.indigenes-republique.org/ est lui largement inspiré des cercles de Tariq Ramadan comme DiverCité et l'Union des jeunes musulmans.