Jean Baubérot est le seul homme de la commission Stasi à ne pas approuver la loi contre les signes religieux à l’école publique. Ce qui est bien logique puisqu’il milite depuis des années — sous couvert d’objectivité scientifique — pour l’assouplissement de la laïcité française vers une laïcité à l’anglo-saxonne, jugée « plus ouverte ». Aux religions.

Ce qui l’amène notamment à réclamer la reconnaissance de certaines sectes évangéliques comme étant de "nouveaux mouvements spirituels". Conformément au souhait du département d'Etat américain faisant la guerre à la législation anti-secte de la France. Il est d'ailleurs membre de l'une des ONG sur lesquelles s'appuie le département d'Etat américain pour obtenir cette reconnaissance des sectes et une laïcité au rabais : l’Association internationale pour la défense de la liberté religieuse. En 2001, il co-organisait pour cette ONG un colloque à l’Unesco — « Convergence spirituelle et dialogue interculturel » — entièrement dédié à protester contre les lois anti-sectes.

A l'occasion du 9 décembre 2005, il a publié dans le journal Le Monde une déclaration signée par 212 universitaires de 29 pays se présentant comme un appel pour un "renouveau laïque" mais qui est en réalité l'occasion d'une très subtile redéfinition du principe de laïcité : Article 4 : "Nous définissons la laïcité comme l'harmonisation, dans diverses conjonctures sociohistoriques et géopolitiques, des trois principes indiqués : respect de la liberté de conscience et de sa pratique individuelle et collective ; autonomie du politique et de la société civile à l'égard des normes religieuses et philosophiques particulières ; non discrimination directe ou indirecte des êtres humains"